El militar reservista obtuvo el 46% de los votos válidos (49,2 millones de votos), frente al 29,1% que se llevó el candidato designado por el expresidente Luiz Inácio Lula da Silva (2003-2011), que acumuló 31,1 millones de sufragios.
Ambos medirán fuerzas de nuevo el 28 de octubre, cuando Haddad tendrá que conseguir la confianza de los electores de otros candidatos de centroizquierda, centro e incluso de la derecha moderada para poder vencer al candidato de la extrema derecha.
Poco después de proclamarse ganador, Bolsonaro puso en duda la fiabilidad del sistema de votación, y sostuvo que de no ser por supuestas irregularidades en las urnas electrónicas se hubiera consagrado triunfador sin necesidad de segunda vuelta.
Prometió reducir al máximo el tamaño del Estado, privatizar o extinguir al menos 50 empresas estatales en su primer año de Gobierno y acabar "con todos los activismos".
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Bolsonaro se dirigió a sus seguidores a través de las redes sociales, y no en una comparecencia de prensa como hicieron el resto de candidatos.
Pidió fidelidad a sus votantes alertando de que el PT tiene "billones" para gastar.
"Quebraron grandes empresas, fundieron bancos, reventaron fondos de pensión; tienen un poder económico enorme y parte de los medios favorables a sus propósitos", aseguró el candidato.
Haddad, por su parte, reconoció que los resultados son "expresivos" y que el segundo turno será un desafío.
"Vamos al campo democrático con una única arma, el argumento; nosotros no portamos armas, vamos con la fuerza del argumento para defender a Brasil y a su pueblo, sobre todo a su pueblo más sufrido", dijo.
Se espera que de cara al segundo turno Haddad cuente con el apoyo de Marina Silva (Rede) Ciro Gomes (Partido Democrático Laborista) y Guilherme Boulos (Partido Socialismo y Libertad), que ya se pusieron en contacto con él, según dijo al comparecer para valorar los resultados.
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Gomes, tercero en la carrera presidencial, tuvo un 12,4% de los votos (más de 13 millones), y aunque subió respecto a lo que pronosticaban los sondeos no pudo batir a Haddad y quedó fuera del segundo turno.
La jornada electoral transcurrió sin incidentes de gravedad y las votaciones se vivieron con normalidad, según destacó en rueda de prensa la presidenta del Tribunal Superior Electoral (TSE), Rosa Weber.
Sin embargo, Bolsonaro cuestionó el funcionamiento de las urnas electrónicas (que se usan sin problemas en Brasil desde los años 90) y sus hijos, también políticos, difundieron a través de las redes sociales videos falsos sobre presuntos fraudes.
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El TSE tuvo que intervenir para descartar la veracidad de un video difundido por Eduardo Bolsonaro en el que supuestamente un elector se veía obligado a votar a Haddad por culpa de la manipulación de la urna electrónica.
La ola conservadora que benefició a Bolsonaro también se notó en las gobernaciones de las 27 unidades federativas de Brasil, sobre todo en las regiones sur y sureste.
Sin embargo, en los estados del nordeste, tradicional reducto del PT, varios gobernadores de ese partido consiguieron ser elegidos ya en el primer turno (Camilo Santana en Ceará, Rui Costa en Bahía y Wellington Dias en Piauí).
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Mientras continuaba el escrutinio y la distribución de bancas en el Senado y la Cámara de Diputados, ya quedaba claro que el PT conservaba la mayor bancada de la Cámara Baja, pero reducida respecto de 2014, seguida del bloque del PSL de Bolsonaro, que ni siquiera tenía una bancada en los comicios anteriores.
Sin embargo, la fragmentación será la característica del nuevo Congreso, pues ni siquiera el partido más votado para el Congreso, el PT, lograría más de 11% de los escaños.