"El terrorista aniquilado capturó rehenes en la ciudad de Sámal y dos de ellos que eran canadienses fueron decapitados", dijo el portavoz, citado por el portal GMA News.
El cabecilla que responde al nombre de Mohammad Said o Amah Maas tenía cinco órdenes de arresto por asesinato.
Las Fuerzas Armadas empezaron a reforzar sus tropas que combaten a Abu Sayyaf en el sur del país, después de que esta semana los terroristas decapitaran a Patrick James Aldovar, un joven filipino de 18 años.
Tras la ejecución del rehén el presidente del país ordenó a los militares y policías aniquilar a los "enemigos del Estado".
En la ofensiva contra los terroristas participan 5.000 soldados en la provincia de Sulu y otros 2.500 en Basilan.
En 2004 perpetró el peor atentado en la historia de Filipinas, al hacer explotar un ferry que dejó más de 200 muertos.
En los últimos años el grupo se dedica a los secuestros para obtener rescates y ejecuta a sus víctimas si no recibe el pago.
Según los medios filipinos, Abu Sayyaf mantiene cautivos a nueve indonesios, cinco malasios, cuatro filipinos, un noruego y un holandés.