Las acusaciones contra el exfuncionario van desde enriquecimiento ilícito, abuso de autoridad, vínculos con el crimen organizado, negligencia, ejercicio indebido de funciones, desacato, así como descuido y falta de atención en el cumplimiento de sus obligaciones como funcionario público.
Una de las denuncias que destaca la investigación se realizó en 2010, la cual fue firmada por colaboradores de la extinta Policía Federal Preventiva (PFP). En ella, los acusadores anexaron mensajes encontrados en mantas y cartulinas colgadas en los estados de Guerrero, Michoacán y Coahuila, los cuales hacían mención del nexo entre García Luna y el crimen organizado.
Sin embargo, esta denuncia se realizó de forma anónima, lo cual llevó a la SFP a descartar los dichos de los expolicías, quienes no pudieron comprobar los señalamientos de los mensajes recabados.
Incluso, el exdirector afirmó que envió una carta al entonces presidente Calderón para alertarlo de las quejas contra García Luna. Sin embargo, tras el encarcelamiento de Herrera Valles en noviembre de 2008 —el cual atribuye a García Luna—, las denuncias cesaron.
Actualmente, el exsecretario de Seguridad Pública de México enfrenta tres cargos de conspiración de tráfico de cocaína, así como un cargo por declaraciones falsas en la corte de Nueva York. Felipe Calderón, por su parte, negó el 3 de mayo haber sabido sobre los nexos de García Luna con el Cartel de Sinaloa, tal como señaló la exembajadora de Estados Unidos, Roberta Jacobson.
