Johnson recibió el apoyo de 160 diputados conservadores, mientras Hunt obtuvo 77 votos.
Por su parte, el ministro de Medio Ambiente, Michael Gove, reunió 75 apoyos y se quedó fuera de la carrera.
El euroescéptico nato tropezó al principio de campaña cuando se vio forzado a admitir que esnifó cocaína años atrás, cuando era reportero de prensa.
Su fracaso en la última valla parlamentaria parece la revancha de los sectores 'brexiteros' por haber dejado en la estacada a Johnson en el proceso electoral anterior, que culminó con la designación de Theresa May como líder y primera ministra conservadora.
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El pulso por el liderazgo será, por tanto, entre un popular y populista euroescéptico, Johnson, y un ministro del Gabinete May que votó por la permanencia en la UE en el plebiscito de 2016.
Hunt ya se ha ganado el sambenito de 'Theresa con pantalones' por su respaldo del plan y la estrategia del Brexit de la primera ministra en estos tres años.
El próximo jefe de Gobierno y de los conservadores será seleccionado por los afiliados del partido en la segunda quincena de julio.
El número de afiliados ha aumentado en 32.000 en el último año hasta casi rozar los 160.000, según las últimas estimaciones.
Hasta la elección del nuevo primer ministro, May permanecerá en el cargo, a pesar de que dimitió oficialmente el 7 de junio.