Sin quererlo ni prepararlo este sería el viaje más largo. Durante más de más de 300 años sus restos volverían a algunos de los lugares donde vivió gran parte de sus aventuras.

Por orden de su hijo Diego Colón, su cuerpo fue trasladado en 1509 desde hasta Sevilla y fue sepultado en la capilla de Santa Ana del Monasterio de Santa María de las Cuevas que había tenido una gran importancia en la vida del almirante.
Allí logró apoyo y alojamiento mientras estaba preparando su primera propuesta de viaje a los reyes y usó su magnífica biblioteca para documentar sus proyectos, según publicó el sitio Historia del Nuevo Mundo.
Su cuerpo permaneció en esta capilla hasta 1542 cuando su nuera María de Toledo, atendiendo a los deseos testamentarios de su marido Diego Colón, exhumó los restos de padre e hijo y los trasladó a la ciudad de Santo Domingo en la entonces Isla La Española (hoy República Dominicana).
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Toledo, quien también era virreina de España, se encargó personalmente de trasladar y vigilar las urnas donde iban los restos de su marido y su suegro, en una expedición compuesta por diez buques y casi 1.000 hombres.
La flota fue recibida en Santo Domingo el 20 de mayo de 1538 por el alcalde de la fortaleza Gonzalo Fernández de Oviedo. Los restos de Colón fueron reinhumados en el Altar Mayor de la Catedral de Santo Domingo en el año 1541.
Allí el Almirante pudo haber descansado en paz hasta la eternidad, pero un gran terremoto sacudió la Isla el 19 de mayo de 1683. El desastre afectó la catedral donde descansaba y casi toda la ciudad quedó destruida.
El 21 de diciembre 1795 el navío San Lorenzo partió con las urnas de ambos colones en dirección al puerto de La Habana, a donde llegaron el 5 de enero. Los restos fueron solemnemente depositados en la catedral habanera y allí permanecieron hasta finales del siglo XIX.
La guerra Hispano-Americana en Cuba terminó con la derrota de España y su soberanía sobre la última colonia. Una vez más para evitar que los restos de Colón cayesen en otras manos, el presidente del Gobierno, Mateo Sagasta, ordenó el traslado de estos a España.
Así fue como un 13 de diciembre 1899 los restos saldrían de la catedral habanera con destino a Sevilla, donde el pueblo sevillano los recibió con alegría luego de 355 años de ausencia. El Almirante fue enterrado en una tumba provisional en la catedral hasta su traslado en 1902, al mausoleo definitivo donde hoy reposan las urnas.
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