"Vamos a tener fronteras fuertes, muy fuertes, pero vamos a mantener a las familias juntas", dijo el mandatario a periodistas en la Casa Blanca.
Trump añadió que no le gustaba "el espectáculo ni el sentimiento" de las familias que sufren al ser separadas.
La nueva política migratoria de la administración Trump ha desatado críticas en la comunidad internacional.
Anteriormente, EEUU no juzgaba a los padres y a miembros adultos de una familia que ingresaban sin documentos al país con niños, para evitar separar a las familias.
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En cambio, se les fijaba una fecha para presentarse ante una audiencia y se les dejaba en libertad, un procedimiento que sus críticos definían como "atrapa y libera".
Bajo la nueva política, los adultos que cruzan la frontera sin documentos son enviados a cárceles, mientras que sus hijos son puestos bajo custodia del Departamento de Salud y Servicios Humanos.
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Desde mediados de abril, cerca de 2.000 niños han sido separados de sus familias en la frontera entre EEUU y México, y enviados a centros de detención con espacios similares a jaulas.