Dichos documentos debían impedir que el submarino zarpara de la base naval el 30 de octubre, ya que el sumario interno indicaba que existían ciertas anomalías por ingreso de agua a la nave. Más que eso, durante su viaje anterior de julio de 2017 el submarino ya navegó con múltiples desperfectos, según recuerda el columnista Andrés Klipphan.

Dicha comisión estaba compuesta por los contralmirantes Adolfo Trama y Alejando Kenny y el capitán de navío Jorge Bergallo, padre de uno de los 44 marines del submarino desaparecido. Los tres participantes de la comisión aseguraron no haber hallado fallos técnicos y más tarde descartaron los posibles fallos de mantenimiento.
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Mientras tanto, fue el 14 de agosto de 2017 —91 días antes de la tragedia— cuando el comandante de la nave, Pedro Martín Fernández, presuntamente registró los problemas que presentaba el buque e informó a su jefe que era peligroso para el ARA San Juan cumplir su misión acercándose a los barcos pesqueros para realizar reconocimientos fotográficos.
En su informe, el comandante Fernández indicó que la nave submarina experimentó una falla total del sistema de propulsión. Además, durante la navegación, el agua marina ingresó al ventilador a través del snorkel. Más que eso, el comandante destacó una considerable disminución en los niveles de aceite en los reservorios del sistema hidráulico del barco.

Mientras tanto, Castillo, supuestamente, ni siquiera había realizado el curso de submarinista, según subraya Klipphan.
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Ambos tripulantes destacaron los mismos problemas que aparecían en el informe del comandante de la nave, Pedro Martín Fernández, y los testimonios comprueban que, aun detectadas, las anomalías nunca llegaron a resolverse.
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Juan Gabriel Viana resumió que la tragedia se debía a varios errores que podían ser tanto humanos como técnicos.
"No atribuyo este final a una sola cuestión. En mi opinión sucedió algo que no los dejó reaccionar, o el que hubiese podido reaccionar no supo hacerlo o no pudo", concluyó.