Nunes, que hasta ahora era el líder del gobierno en el Senado, es uno de las decenas de políticos que aparecen citados en las acusaciones de la trama corrupta destapada con la Operación Lava Jato.
En concreto, el empresario Ricardo Pessoa, dueño de la empresa UTC, declaró haberle entregado 200.000 reales (63.600 dólares) de dinero negro para financiar su campaña electoral para senador en 2010.
El empresario aseguró a los investigadores que las donaciones —también hubo otras legales, declaradas a la justicia electoral— eran una contrapartida para obtener contratos con la empresa semiestatal Petrobras.
En su día Nunes rebatió las acusaciones diciendo que todas las donaciones que recibió en su campaña fueron legales y debidamente registradas.
Además, Temer explicó recientemente que el hecho de que miembros de su gobierno sean citados en el marco de la Lava Jato no es suficiente para apartarlos del cargo, algo que sí hará en caso de que sean imputados por la justicia.
Al margen de su posible implicación en la trama Nunes es uno de los hombres fuertes del PSDB, el principal partido aliado del gobierno de Temer.
En 2014 fue candidato a vicepresidente del gobierno en la candidatura de Aécio Neves, que fue derrotado por la candidatura de Dilma Rousseff y Michel Temer.
Además, recientemente lideró la comisión de Relaciones Exteriores en el Senado y es amigo personal de Serra, su antecesor, factores que Temer habría tenido en cuenta para nombrarle como nuevo canciller.