"Corea del Sur y EEUU tomaron la decisión de desplegar el THAAD para garantizar la seguridad del pueblo surcoreano", dijo el organismo en un comunicado.
El Pentágono insistió también que el THAAD (Defensa Terminal de Área a Gran Altitud) está dirigido contra las amenazas nucleares y balísticas de Corea del Norte y no apuntan a ningún otro país.
La decisión ha llegado cinco meses después de que Pyongyang lanzase un misil de larga distancia y practicase su cuarto ensayo nuclear a principios de febrero.
También ha desvelado que las negociaciones están en sus últimas fases y que se está discutiendo ya el lugar del despliegue, que será desvelado en un par de semanas.
Está previsto que el escudo esté operativo a finales de 2017.
"La carrera continua de Corea del Norte por conseguir misiles y armas de destrucción masiva requiere nuestra alianza para asegurar que tenemos la capacidad para defendernos de esas amenazas", ha añadido el teniente general y jefe de las tropas estadounidenses en Corea del Sur, Thomas Vandal.
China y Rusia se han opuesto al escudo porque entienden que también servirá para que Estados Unidos amplíe su radio de control en sus territorios.
Ambos países han extremado sus esfuerzos diplomáticos en los últimos meses para convencer a Seúl de que no accediera a los planes de Washington.