"El general Kongphan hasta el momento solo es sospechoso, pero si el tribunal le considera culpable, no le defenderemos de la justicia", declaró el primer ministro y jefe del Gobierno militar de Tailandia, general Prayut Chan-o-cha, según el canal de televisión.
Birmania no les otorga ciudadanía al considerarlos habitantes de la vecina Bangladés.
Solo en el transcurso del último mes más de 300 rohingya se ahogaron y más de 1500 migrantes todavía permanecen en alta mar.
El canal de tránsito de migrantes rohingya ilegal fue cerrado por las fuerzas de seguridad tailandesas a principios de mayo, tras el descubrimiento de campos clandestinos de migrantes en las junglas al sur del país.
Otros 50 sospechosos están en búsqueda y captura.
Desde finales de mayo, los instructores advirtieron de la presencia de "una figura importante de los círculos militares" vinculada al proceso.
El martes Kongphan se comunicó por teléfono con la comandancia de las tropas terrestres para llegar a un acuerdo sobre las condiciones de su entrega a la policía militar, según el canal tailandés.
Según la legislación tailandesa, el sospechoso tiene derecho a entregarse a la policía y solicitar una liberación temporal bajo fianza durante el período de instrucción del caso.
Hasta el momento Kongphan es el militar de mayor grado sospechoso de un delito vinculado a la migración ilegal.