El San Juan, con 44 tripulantes a bordo, había partido del puerto de Ushuaia para dirigirse a Mar del Plata (este) y dejó de responder a la base de operaciones durante la mañana del 15 de noviembre, cuando se encontraba a unos 430 kilómetros de la costa en el golfo de San Jorge, en el Atlántico Sur.
Este submarino diésel eléctrico construido en Alemania se incorporó a la Armada argentina en 1985, tiene 66 metros de eslora y puede desplazarse a una velocidad de hasta 25 nudos bajo el agua.