El exmandatario salió de su casa en un vehículo de cristales oscuros a las 14.40 hora local (17.40 GMT) y se dirige a la Superintedencia de la Policía Federal en Sao Paulo, según las imágenes de la retransmisión en directo de la cadena Globonews.
En paralelo, los abogados del expresidente recurrieron al Tribunal Superior de Justicia para evitar su prisión preventiva, alegando que no representa un peligro para la buena instrucción del caso.
El TRF-2 también ordenó el regreso a prisión del coronel Joao Baptista Lima Filho, su presunta mando derecha en los numerosos escándalos de corrupción en los que está implicado, pero en cambio, mantuvo el "habeas corpus" para el exministro y exgobernador de Río de Janeiro Wellington Moreira Franco, que podrá seguir en libertad.
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En marzo, Temer, Lima, Moreira Franco y otras ocho personas fueron detenidas por la Policía Federal en el marco de la "Operación Descontaminación".
Esta operación investigaba desvío de dinero público en las obras de la central nuclear Angra 3, en Río de Janeiro.
Según la denuncia que presentó la Fiscalía, el expresidente y su círculo político más cercano habrían recibido 1.800 millones de reales (458 millones de dólares) en forma de coimas a lo largo de los últimos 40 años.
Esta misma semana Temer recibió su sexta imputación, acusado en otra investigación de liderar una organización criminal formada por políticos de su partido, el Movimiento Democrático de Brasil, y también fue denunciado por la Fiscalía por obstrucción a la Justicia.