"No lo podemos descartar", dijo el alto funcionario a la radio France Inter.
La ciudad francesa de Estrasburgo está situada en la frontera con Alemania.
El secretario de Estado indicó también que la motivación terrorista de los hechos aún no se ha establecido.
El autor de los disparos estaba fichado por la policía en un archivo de personas radicalizadas por el islamismo.
Además: Autoridades europeas reaccionan ante noticias sobre tiroteo en Estrasburgo
Nuñez enfatizó que "al parecer, este individuo no buscó ir a Siria".
En cuanto a las prohibiciones de las manifestaciones callejeras en Estrasburgo, el secretario de Estado remarcó que no se prevé una medida similar en otras partes de Francia.
El movimiento que toma su nombre de la prenda fluorescente de uso obligatorio para los automovilistas, inició sus movilizaciones el 17 de noviembre para protestar contra el alza de los combustibles.
El 8 de diciembre, las fuerzas gubernamentales arrestaron a más de 1.700 manifestantes que tomaban parte en las multitudinarias movilizaciones.