La última vez que la embarcación envió su posición fue en la mañana del 15 de noviembre. En ese momento, se ubicaba a una latitud de 46° 44' sur y una longitud de 59° 54' oeste. El submarino ARA San Juan realizaba ejercicios de vigilancia en la zona económica exclusiva, a la altura de Puerto Madryn.
Tras una falla eléctrica, la tripulación quedó incomunicada. Los medios señalan que el navío podría haber sufrido un incendio a partir de la explosión en el banco de baterías, sistema que almacena la energía eléctrica a bordo del sumergible.
El Comando Naval de Tránsito Marino de Argentina solicitó un operativo de búsqueda y de rescate, que involucra dos corbetas y una avioneta del Ejército para rastrear la zona, reporta el diario Clarín.
De acuerdo con el diario La Nación, el ARA San Juan fue reparado en 2014. Un comunicado de aquel momento afirmaba que los arreglos extenderían 30 años la vida del submarino.