El cuerpo fue trasladado en una camioneta de bomberos de la ciudad de Buenos Aires, custodiado por una cadena de automóviles y motos durante todo el recorrido.
La Policía Federal Argentina ha ido grabando todo el traslado para garantizar la seguridad del proceso.
La autopsia será realizada por el Cuerpo Médico Forense de la Corte Suprema de Justicia, y el procedimiento será supervisado por el Equipo Argentino de Antropología Forense (EAAF), reconocido por su profesionalidad a nivel internacional.
El juez Gustavo Lleral, instructor de la causa principal que investiga la desaparición de Maldonado, los peritos de parte y los científicos de la Policía Científica viajaron junto al féretro desde la ciudad chubutense de Esquel, desde donde de madrugada partió el avión sanitario de Prefectura que trasladó el cuerpo.

Conocido como el Protocolo de Minnesota, la norma establece las instrucciones de buenas prácticas técnicas que se deben implementarse en las autopsias para determinar si una persona fallecida fue ejecutada.
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En una conferencia el miércoles, el perito aportado por la familia del joven, Alejandro Incháurregui, informó que todavía no habían podido identificaron el cuerpo, pese a las ropas y el documento de identidad perteneciente a Maldonado que fue encontrado en el cadáver.
Contexto
En un operativo posterior, y perseguidos por la fuerza federal, miembros de la comunidad ingresaron en las tierras adquiridas por la corporación Benetton y que los mapuches reclaman como propias, por ser uno de los primeros asentamientos de pueblos indígenas de la región.
En ese contexto desapareció Santiago Maldonado.

El primer rastrillaje en las inmediaciones del río Chubut para dar con su paradero se realizó más de un mes después de que el joven desapareciera, el pasado 8 de septiembre.
Catorce días después, fue recusado por falta de imparcialidad el juez federal Guido Otranto, recusado por la familia de la víctima y apartado por la Cámara Federal de Comodoro Rivadavia, ciudad de Chubut.
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El hallazgo del cuerpo ha conmocionado a la sociedad argentina, donde el 22 de octubre se celebran elecciones legislativas para renovar parcialmente las dos Cámaras del Congreso.