La UE ratificó el documento en julio pasado, tres años después de aprobar determinadas condiciones a instancias de los Países Bajos que rechazaron desde un principio la asociación con Ucrania.
Pese a todo el presidente ucraniano, Petró Poroshenko, se congratuló del convenio.
"El 1 de septiembre de 2017 entrará en la historia de Ucrania y es que hoy entra en vigor plenamente el Acuerdo de Asociación entre Ucrania y la UE", escribió Poroshenko en su cuenta de Facebook.
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El mandatario ucraniano señaló que desde el 1 de enero de 2016 funciona la zona de libre comercio con la UE.
Según Poroshenko, casi el 40% del comercio ucraniano corresponde a la UE.
Desde Bruselas felicitaron a Kiev por la entrada en vigor del documento.
"La Unión Europea cumple su promesa dada a nuestros amigos ucranianos y agradezco a todos los que hicieron esto posible (…) Es un día festivo para el continente europeo", señaló el presidente de la Comisión Europea, Jean-Claude Juncker, en su mensaje al Gobierno ucraniano.
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Federica Mogherini, alta representante de la UE para la Política Exterior, destacó que gracias a este acuerdo los ciudadanos de Ucrania y de los países de la UE están ahora más cerca que antes.
"Esto muestra que compartimos los mismos valores y a partir de ahora los ucranianos pueden esperar el apoyo y la cooperación de la UE", indicó.
A su vez, el comisario de Política Europea de Vecindad y Negociaciones de Ampliación de la UE, Johannes Hahn, instó al Gobierno de Poroshenko a continuar las reformas y la lucha contra la corrupción.
"La Unión Europea seguirá apoyando a Ucrania en sus esfuerzos reformistas tanto con asistencia como finanzas", señaló Hahn.
Tras el golpe de Estado, en el este ucraniano estalló un conflicto armado que dura hasta la fecha y que ha dejado ya más de 10.100 muertos, según estimaciones de la ONU.