Un sistema de refrigeración permite conservar las semillas que custodia a una temperatura constante de —18 grados. Si las unidades de refrigeración fallaran, el permafrost no permitiría que la instalación superara los —3 grados.
A pesar de todas estas precauciones, el derretimiento de permafrost registrado en 2016 causó una pequeña inundación en el túnel de entrada de la bóveda, informa Engadget. Sin embargo, gracias al hecho de que la temperatura del aire se sitúa bajo cero, al entrar en el túnel, el agua se congeló, por lo que los vigilantes de la instalación simplemente tuvieron que sacar un pequeño 'glaciar' de dentro del almacén.
Al comentar el incidente, las autoridades de Noruega prometieron aumentar aún más la protección de la instalación. Sus administradores están construyendo actualmente un muro impermeable interior que brindará una protección adicional y todas las fuentes de calor de la bóveda van a ser retiradas de su interior.