"Jamás podría dejar entrar en la institución a personas que no tienen ningún compromiso con las causas indígenas", dijo Costa tras ser apartado del cargo por el Gobierno, que alegó falta de productividad.
Sin embargo, tanto Costa como su sustituto temporal, De Freitas, ocuparon el puesto por sugerencia del Partido Social Cristiano (PSC), una formación ligada a las iglesias evangélicas y de corte conservador que forma parte de la base de aliados del Gobierno.
Cuando en julio de 2016 el Gobierno intentó nombrar a De Freitas para presidir la Funai, asociaciones y activistas de la causa indígena protestaron duramente contra la entrada del fundamentalismo evangélico y los militares en la organización.
Ante esta situación el anterior presidente del órgano se quejó de que disponía de mano de obra escasa para monitorizar todos los conflictos y de que el Gobierno recortó 44% el presupuesto de la Funai.
Los movimientos indígenas se quejan de que el Gobierno de Temer prioriza la defensa de los intereses de los grandes propietarios de tierras y de la industria agropecuaria.
Critican también que se haya bajado el ritmo de demarcación de tierras, el principal mecanismo con el que cuenta el Estado para proteger a las comunidades nativas, ya que les otorga el derecho de propiedad de las tierras que habitan históricamente.
