Los magistrados reunidos en el plenario decidieron anular la decisión del magistrado Marco Aurelio, que este lunes apartó provisionalmente a Calheiros de la presidencia.
Con esta decisión el Supremo mantiene a Calheiros en el cargo, pero le aparta de la línea sucesoria de la presidencia de la República, lo que significa que no podría sustituir al presidente Michel Temer en ningún caso.
El relator del caso, el magistrado Marco Aurélio, que el lunes decretó que se apartara a Calheiros de forma provisional hasta que el plenario se pronunciara, fue muy crítico con la decisión del Senado de mantenerle en el puesto.
"El no cumplimiento de la decisión hiere de muerte a las leyes de la República, debilita al poder judicial, es una o práctica deplorable e implica una desmoralización impar del Supremo", lamentó durante el proceso de votación.
El Fiscal General del Estado, Rodrigo Janot, también criticó duramente la postura de la Mesa Directora del Senado, porque en su opinión se transmite la idea de que unos pocos ciudadanos pueden escoger arbitrariamente cuándo someterse a las leyes.
Previamente, el abogado del Senado, Alberto Cascais, dijo que la casa no tuvo intención de desafiar al Supremo al no acatar la decisión provisional del magistrado Marco Aurélio, que el lunes decretó que Calheiros debía dejar el cargo.
Según el representante del Senado, la intención era conceder un plazo de defensa para el senador, aunque reconoció que la decisión causó una "fricción institucional".
Calheiros, que acumula más de una decena de causas pendientes en el Supremo, la mayoría relacionadas con casos de corrupción en el marco de la Operación Lava Jato, perderá su cargo por unos hechos ocurridos hace diez años.
Según las investigaciones, entre 2004 y 2006 Calheiros desvió parte de la asignación que tenía del Senado para pagar a una empresa de alquiler de vehículos que emitía facturas fraudulentas, sin prestar ningún servicio.
Tras la salida de Calheiros accede a la presidencia del Senado el hasta ahora vicepresidente Jorge Viana (Partido de los Trabajadores).
La llegada de un senador del principal partido de la oposición al frente del Congreso Nacional podría dificultar la aprobación de algunas de las principales medidas que impulsa el Gobierno de Michel Temer (Partido del Movimiento Democrático de Brasil).
Entre ellas están la Propuesta de Enmienda a la Constitución (PEC) 55, que limitaría el gasto público durante los próximos 20 años.