Según lo previsto, Estonia hasta el fin de 2017 debe recibir a 550 refugiados de Grecia e Italia, y de otros países que no forman parte de la UE.
Para el 16 de septiembre, el país báltico acogió solo a 60 personas, es decir cerca del 11% del número previsto.
"Valorando la situación de forma objetiva, es difícil creer que para el fin del año que viene la UE en general, y Estonia en particular, tengan tiempo para alojar al número previsto de personas", dijo Pevkur.
Según los datos para el 13 de septiembre, los países de la UE alojaron a 4.747 refugiados y entre ellos 3.677 de Grecia 1.064 de Italia.
Europa vive la peor crisis migratoria desde la Segunda Guerra Mundial, provocada por conflictos armados y problemas económicos en Oriente Medio y África del Norte.