"Varios países no quieren acoger refugiados,pero ahora es necesario cumplir con las decisiones tomadas (por el Consejo de la UE y el Parlamento Europeo)", dijo en una rueda de prensa en Bruselas.
Se preveía que Alemania recibiera un 25% de este número, Francia, un 19 por ciento y España, un 12 por ciento. Otros países debían acoger a menos de un 10 por ciento cada uno.
La mayoría de los países aceptó el plan, menos la República Checa, Hungría, Eslovaquia, Polonia y Rumanía, que insistieron en acoger un número que correspondiera a sus recursos.
Alemania estima que en total en 2015 más de un millón de migrantes llegaron a su territorio.
La Convención de Dublín sobre refugiados
El presidente del organismo, Jean-Claude Juncker además declaró que la Comisión Europea presentará entre marzo y mayo propuestas para introducir enmiendas a la Convención de Dublín sobre las normas para conceder asilo en la UE.
"En primavera presentaremos propuestas para revisar la Convención de Dublín", dijo Juncker, explicando que el documento no funciona.
Más de un millón de refugiados, en su mayoría procedentes de Siria, Afganistán e Irak, llegaron a Europa durante el 2015 escapando de la persecución y la guerra, según el Alto Comisionado de las Naciones Unidas para los Refugiados (Acnur).
Infografía: Las causas de la crisis de refugiados en la UE
Cientos de miles de migrantes procedentes de Oriente Próximo y Asia se dirigieron el pasado año a través de Turquía a los países balcánicos y después al norte del espacio Schengen.