Los nuevos tomos del expediente reservado contienen datos y hallazgos que han llevado tanto a la FGR como al Gobierno de Andrés Manuel López Obrador a aseverar que la llamada Verdad histórica de este caso, presentada por la administración de Enrique Peña Nieto en 2015, "se ha caído".
"A partir del último tomo que se encuentra en versión pública, en el portal de la institución se consideran (los tomos solicitados desde esa fecha) información reservada y confidencial, de conformidad con el artículo 110, fracciones VII y XII, y 113 fracción I, de la Ley Federal de Transparencia […]", dijo la FGR en respuesta una solicitud de información de Animal Político.
La Fiscalía reconoció que existe una averiguación previa en curso bajo el número AP/PGR/SDHPDSC/OI/001/2015 por los hechos ocurridos en Iguala, Guerrero el 26 y 27 de septiembre. Sobre su clasificación, señaló que se trata de casos en curso que no pueden transparentarse, debido a que ello pone en riesgo la presunción de inocencia de los posibles implicados, el debido proceso y el éxito de la indagatoria.
En febrero de 2015, el INAI determinó de manera unánime hacer pública la averiguación previa del caso Ayotzinapa. Se trata de la primera ocasión en que se ordenó retirar la clasificación de información reservada a una averiguación o carpeta de investigación de la entonces PGR.
Para ordenar la apertura del expediente, el INAI desestimó argumentos muy similares a los que presenta ahora la Fiscalía. Entonces, sus consejeros concluyeron que esa reserva no justificaba el derecho de la sociedad a conocer sobre un caso de violaciones graves a los derechos humanos.
El 28 de enero de 2015, el entonces titular de la PGR, Jesús Murillo Karam, aseguró que los 43 normalistas de Ayotzinapa habían sido asesinados, al tiempo que sus restos habían sido incinerados y sus cenizas arrojadas al Río San Juan, en el municipio de Cocula, Guerrero.
"Ésta es la verdad histórica de los hechos, basada en las pruebas aportadas por la ciencia, como se muestra en el expediente, y que ha permitido ejercitar acción penal en contra de los 99 involucrados, que han sido detenidos hasta hoy", declaró.
La investigación estuvo a cargo de Tomás Zerón, actualmente buscado por las autoridades mexicanas. Ese funcionario aseguró que el crimen se debió a que miembros del grupo criminal Guerreros Unidos confundieron a los normalistas como integrantes de su grupo antagónico en la región, Los Rojos.
El 30 de junio de 2020, el fiscal general de México, Alejandro Gertz Manero, anunció que había solicitado la aprehensión de 46 exfuncionarios de Guerrero a quienes acusó de desaparición forzada y delincuencia organizada. Según el fiscal, algunas de estas personas eran sospechosas por su involucramiento en la desaparición de los estudiantes normalistas.
"Se acabó la verdad histórica", sentenció ante periodistas.