El escándalo histórico estalló en la década de 1950, pero la historia inició muchos años antes cuando una pareja de judíos intentaba huir de Austria con la intención de llegar hasta América Latina.
Se trataba del doctor Fritz Finaly y su esposa Anna que en 1938 apenas lograron huir hasta Francia y no pudieron llegar a su destino. Tres años después, en 1941 nació su primer hijo al que llamaron Robert y en 1942 nació su segundo hijo Gerald.
Cuando los alemanes capturaban a los judíos para enviarlos a los campos de concentración, la pareja circuncidó a ambos niños como lo manda su religión y decidieron entregarlos a una amiga suya en 1944 porque temían por la vida de sus hijos. Cuatro días después la pareja fue descubierta por los alemanes y los deportaron a Aushwitz donde murieron unas semanas después.
En 1945, Margarita Finaly, familiar de los niños, que se encontraba en Nueva Zelanda dio con el paradero de los niños e intentó fallidamente reunirse con ellos. Cuando entró en contacto con Brun, le pidió organizar el reencuentro familiar y solo recibió respuestas evasivas. Entonces, Margarita Finaly reunió a sus familiares y pelearon la custodia de los niños por vías legales.
Auguste, otra familiar de los niños, viajó hasta Francia para encontrarse con Brun quien le afirmó que nunca devolvería a los niños. Resulta que Brun, con el visto bueno del obispo local, había bautizado a los niños a pesar de conocer su ascendencia judía por eso, según ella, los niños ya eran "propiedad de Roma" y nunca más serían "sometidos" a una familia judía.
El caso empezó a causar resonancia y el clero pidió instrucciones al Vaticano, desde donde se pidió que se esperase la sentencia del tribunal y, en caso de cualquier decisión desfavorable, que Brun usase todos los medios legales para retrasar al máximo la ejecución de la sentencia.
Mientras tanto, las monjas trasladaron a los niños a una escuela católica cerca de la frontera española donde los registraron con nombres falsos con la aprobación del obispo local. A principios de 1953 la justicia francesa empezó a detener a algunas monjas consideradas cómplices de ocultar a los menores, mientras el Sagrado Oficio informó al Papa Pío XII de lo sucedido y que "los judíos, en alianza con los masones y los socialistas habían organizado una campaña de prensa internacional" sobre este caso.
El Vaticano que primero había apoyado la idea de ocultar a los niños, luego quiso que todo el asunto apareciera como una responsabilidad del clero local. La Iglesia católica intentó limpiar su imagen con un artículo que debería haber sido publicado en un periódico local donde se argumentaba que los niños se consideraban "refugiados" e invocaron el derecho de asilo en España. Este documento actualmente está entre los archivos del Vaticano.
Cuando los niños tenían 11 y 12 años continuaban ocultos en España. La diplomacia francesa, española e israelí los buscó, hasta que el clero español declaró oficialmente que "sin una orden formal procedente de Roma, los niños permanecerían escondidos". El episcopado francés no permitiría que la familia Finaly se llevara a los niños a Israel para volverlos judíos porque "los dos muchachos declararon su deseo de seguir siendo católicos, profesar y practicar el catolicismo".
Después de varios años, se sabe que Gerald se convirtió en oficial del ejército israelí y trabajó como ingeniero. Mientras que Robert ejercía como médico, igual que su padre.
En 1965, la Iglesia católica publicó un texto en el que señalan que la religión judía, así como la musulmana deben ser tratadas con total respeto.
Solo 1.200 académicos de 60 países al año pueden acceder a los archivos del Vaticano. El caso de los niños Finaly fue una información recopilada por David Kertzer, quien lo publicó en un artículo en The Atlantic.