El diplomático italo-sueco anunció el 17 de octubre su decisión que se haría efectiva a fines de noviembre.
"Esperamos que el proceso político sirio continúe ya que no hay alternativa", dijo Peskov al comentar la salida de De Mistura.
El Ministerio de Exteriores de Rusia, a su vez, elogió la aportación del alto funcionario de la ONU a la resolución del conflicto sirio.
De Mistura adujo razones personales para renunciar al cargo que asumió en julio de 2014.
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La solución del conflicto se busca en dos plataformas, la de Ginebra, bajo los auspicios de la ONU, y la de Astaná, copatrocinada por Rusia, Turquía e Irán.
En el marco de las negociaciones de Astaná se acordó la celebración del Congreso de Diálogo Nacional sirio que se desarrolló a finales de enero en la ciudad rusa de Sochi y concluyó con la aprobación de una lista de 150 candidatos a la comisión constitucional, que sesionará en Ginebra.