El grupo contaba con entre 160 y 195 guerrilleros, según distintas fuentes, que llegaron a la ciudad el 14 de junio en dos camiones Kamaz y un auto que imitaba una patrulla policial.
La ciudad de Budiónovsk se encuentra a unos 110 kilómetros de la frontera de la región rusa de Stávropol y Chechenia, que es de dónde llegaron los terroristas.
Primero atacaron la comisaría de la ciudad, después de lo cual tomaron el control del ayuntamiento y acabaron asediando el hospital de la ciudad. Allí, tomaron entre 1.500 y 1.800 personas como rehenes, incluidas mujeres embarazadas, ancianos y unos 150 niños.
El asedio duró hasta el 19 de junio, y a lo largo de estos días Shamil Basáyev negoció con el Gobierno de Rusia. Amenazaba con matar a todos los rehenes si no se cumplían sus exigencias, una de las cuales era finalizar la primera guerra chechena.
A lo largo de estos días también se llevaron a cabo dos asaltos fallidos para liberar a los rehenes en el hospital. Uno de los mayores retos para las fuerzas de seguridad era el hecho de que los terroristas usaban a sus rehenes como escudo humano, poniéndolos en las ventanas y disparando desde detrás de ellos.
Así, se les dieron varios autobuses para este fin. El grupo de Basáyev se llevó consigo 123 rehenes a modo de escudo, que fueron liberados posteriormente en Chechenia.
Al final, 129 personas perdieron la vida como resultado de este ataque, y otras 415 resultaron heridas. En total, fueron gravemente dañados o destruidos 54 edificios públicos, y 107 casas privadas.
Después de esta crisis de rehenes se introdujo una ley de lucha antiterrorista que prohíbe satisfacer las demandas de los terroristas.