El topónimo 'México' es de origen azteca. Su significado original es discutido, pero la versión más popular es que proviene de las voces 'Metz-xi-co', que en el idioma náhuatl —hablado por los aztecas prehispánicos— significa algo así como 'el ombligo (centro) de la Luna'. Este es el nombre que llevaba el valle de México antes de la conquista española. Ahí, los aztecas fundaron lo que hoy es la ciudad de México en el lago de Texcoco, llamado 'el lago de la luna' y sus habitantes se autodenominaban mexicas.
Sin embargo, los lugareños lo pronunciaban de diferente manera a como lo hacemos hoy: según las normas del español moderno, el topónimo náhuatl debería pronunciarse como 'Meshico'. En las normas del castellano medieval que hablaban los conquistadores el sonido 'sh' correspondía a la letra equis y así fue como los cronistas españoles registraron la palabra del idioma náhuatl como 'México'.
Con el paso del tiempo, todos los idiomas evolucionan y el castellano no es una excepción. Ya para el siglo XVII el sonido 'sh' desapareció del habla, mudando hacia el sonido moderno de 'j' o 'g' ante la 'e' y la 'i'. Es así como 'Oaxaca' comenzó a pronunciarse 'Oajaca' y 'Xalisco' se transformó en 'Jalisco'. De igual manera la pronunciación original 'Meshico' poco a poco mudó hacia la moderna de 'Méjico' pero la letra 'x' continuó usándose en la escritura.
No fue hasta 1815 que la Real Academia Española estableció la nueva Ortografía de la Lengua Castellana en la que se instruyó que todas las palabras que se escribían con equis, pero que se pronunciaban como 'j', debían ser escritas con jota. Desde entonces la escritura 'Méjico' se convierte en la versión oficial establecida en España y sus colonias.
Pero ese sutil cambio coincidió justo con la lucha por la independencia de México, por lo que el cambio de escritura, más que una simple acomodación ortográfica, se convirtió en un frente más de lucha por la identidad nacional. Los mexicanos nunca reconocieron que el nombre de su país se escribiera con jota.
Pero la RAE se mantuvo firme y durante casi dos siglos la única forma reconocida por la academia era 'Méjico'. No fue hasta 2001, cuando la institución española finalmente cambió su posición y estableció que la forma recomendada para escribir el topónimo era 'México', al igual que en el país latinoamericano. No obstante, hasta el día de hoy en España se permiten las escrituras 'Méjico' y 'mejicano'.