"En el contexto de este problema la incorporación de los países de los Balcanes occidentales no tendrá lugar hasta que continúe la disputa fronteriza", dijo Juncker al intervenir ante los diputados del Parlamento Europeo en Estrasburgo, transmitido en la página de la Comisión Europea.
Indicó que "no se puede continuar afirmando que el problema se solucionará tras la incorporación".
Eslovenia y Croacia, ambos ya miembros de la UE, disputan un territorio en el golfo de Pirán del mar Adriático.
En diciembre de 2017 entró en vigor la sentencia sobre las partes disputadas de la frontera entre los dos países en el agua y en la tierra.
Eslovenia obtuvo el derecho de pasar hacia las aguas internacionales por las aguas territoriales en el mar Adriático además de recibir tres cuartos del golfo de Pirán.
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Croacia no acepta esa decisión.
Según el primer ministro croata, Andrej Plenkovic, en la parte disputada del golfo trabajan hasta 50 pequeños barcos pesqueros croatas.
Entre los países balcánicos Albania, Macedonia, Serbia y Montenegro son candidatos para entrar en la UE.
Bosnia y Herzegovina espera obtener el estado de un candidato desde febrero de 2016.