Fue detenida en la esquina de su casa como resultado de la primera operación realizada por Astiz, que se había infiltrado en el movimiento de las madres.
"Un día se estaba yendo de la iglesia y una compañera del dice 'Azucena, te quiero presentar a este muchacho que te quiere conocer y contar su historia'. Asi es como mi mamá conoce a Astiz. El logra el cariño de ellas", relató a Sputnik Cecilia Vincenti, hija de Azucena.
Astiz y otros 28 represores fueron condenados a cadena perpetua a fines de noviembre por esos crímenes, incluido el de Villaflor, como parte de la megacausa ESMA III, en la cual fueron condenados por primera vez los pilotos de los 'vuelos de la muerte'.
Los restos de Azucena fueron encontrados en agosto de 2005 y luego de ser identificados, el 9 de diciembre de ese año fueron enterrados en la propia Plaza de Mayo, con un plaqueta que reconoce y reivindica su lucha.