Fernández ingresó a las 10:00 hora local (13:00 GMT) al juzgado, informaron medios locales.
Se espera que la exmandataria presente un escrito y no conteste preguntas, de acuerdo a la prensa local.
Nisman fue encontrado muerto en su apartamento con un disparo de arma de fuego en su cabeza cuatro días después de haber denunciado penalmente a la entonces presidenta Fernández de Kirchner.
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La denuncia sostenía que la mandataria encubrió a altos cargo del Gobierno de Irán que habían sido acusados por la Justicia argentina de estar involucrados en el ataque a la mutual judía.
El acuerdo, sin embargo, nunca entró en vigor, porque no fue ratificado por el Parlamento iraní y fue declarado inconstitucional por la Justicia argentina.
El fiscal debía presentarse ante el Congreso para ratificar la denuncia al día siguiente de ser hallado sin vida.
El juez federal Claudio Bonadío, a cargo del expediente, llamó a declarar a la exmandataria y a otros 14 imputados por presunto encubrimiento del atentado.