"El país observará tres días de luto por las víctimas inocentes y las banderas ondearán a media asta", dijo Farmaajo, citado por la agencia Sonna.
Farmaajo llamó a los ciudadanos a cerrar filas contra el terrorismo, diciendo que es "el momento de unirse y rezar juntos". "El terror no pasará", dijo.
Decenas de personas murieron o resultaron heridas tras la explosión de un camión bomba delante de un hotel en una arteria concurrida de Mogadiscio y un posterior ataque con explosivos que tuvo lugar en el barrio de Madina.
Fuentes médicas y de seguridad citadas por Associated Press cifraron el balance provisional en 53 muertos y más de 60 heridos.
La televisión Al Jazeera, que cita a un funcionario del Servicio de Ambulancias de Mogadiscio, menciona el mismo número de víctimas mortales, además de unos 250 heridos.
Como en ocasiones anteriores, se sospecha que detrás del doble ataque están las milicias yihadistas de Al Shabab que luchan contra el Gobierno central somalí y reivindicaron en el pasado numerosos atentados en el este de África.