"Semejante decisión de la Administración de EEUU causa lamento", dijo en un comunicado publicado en la página web del ministerio.
Moscú subraya que el país deja la Unesco en un momento difícil para la organización "agravando de esta manera su situación".
"Cabe destacar que desde 2011 EEUU no realiza pagos al presupuesto regular de la organización lo que dificulta la labor de la organización y frustra la realización de una serie de proyectos importantes", destaca.
Asimismo, Moscú espera que un nuevo director general de Unesco se esfuerce para despolitizar la organización.
"Esperamos que un nuevo director general se esfuerce para cambiar la situación actual y se concentre en los problemas humanitarios, lo que posibilitará continuar la provechosa cooperación en los ámbitos de competencia de la Unesco con todos los países, incluido EEUU", dice el comunicado.
El texto subraya que "Rusia aboga sistemáticamente por la universalidad de la Unesco, donde están representados todos los países y continentes".
"Es importante destacar que cooperamos con los especialistas y expertos estadounidenses en los programas intergubernamentales e internacionales de la Unesco en los ámbitos de la hidrología, la oceanografía, la museología, y en la solución de los problemas de extremismo y radicalismo mediante la educación", agrega.
El siguiente ciclo de la votación se celebrará el viernes.
De momento, hay tres candidatos uno de los cuales reemplazará a la búlgara Irina Bokova en cargo de directora general: Moushira Khattab, de Egipto; Hamad bin Abdulaziz Kawari, de Catar y Audrey Azoulay, de Francia.
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Justificó su decisión por "la preocupación de EEUU por varios temas pendientes en la Unesco, (como) la necesidad de una reforma fundamental de la organización y su continuo sesgo anti-israelí".
A la vez EEUU informó que desea seguir vinculado a la organización pero solo como estado observador no miembro.
Señaló que la retirada de EEUU de la Unesco entrará en efecto el 31 de diciembre de 2018.
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La directora general de la Unesco, Irina Bokova, deploró la decisión de EEUU de retirarse de la organización.
Su lamento también expresaron la ONU, el Ministerio de Exteriores de Francia y el Kremlin.