"Un misil no identificado fue lanzado cerca de la cuidad portuaria norcoreana de Wonsan", dijo Estado Mayor Conjunto (JCS) de Corea del Sur citado por la agencia.
El presidente surcoreano, Moon Jae-in, convocó una reunión del Consejo de Seguridad nacional por el ensayo de Pyongyang.
"El misil, lanzado desde la costa oriental de Corea del Norte, cayó en la zona económica exclusiva de Japón", comunicó el ministro portavoz del Gobierno nipón, Yoshihide Suga.
El ministro precisó que el misil cayó a 300 kilómetros de las islas Oki, en la prefectura de Shimane, y a 500 kilómetros de la isla de Sado, en la prefectura de Niigata.
"Japón presenta una protesta decisiva y condenas en los términos más duros", dijo.
Suga informó además que las embarcaciones y aeronaves japonesas no sufrieron daño por el disparo del misil norcoreano.
El Ministerio de Defensa japonés, señaló que el misil voló a 100 kilómetros de altura.
"La distancia de vuelo permite concluir que era misil tipo Scud", agregó la ministra de Defensa, Tomomi Inada.
La agencia Yonhap, citando al Estado Mayor Conjunto surcoreano, informó a su vez que se trata de un misil de corto alcance, aparentemente tipo Scud, que voló unos 450 kilómetros y alcanzó 120 kilómetros de altura.
Militares estadounidenses detectaron que Corea del Norte lanzó un misil balístico de corto alcance.
"El misil fue seguido durante seis minutos hasta que cayese en el mar de Japón (mar del Este)", dice el comunicado de PACOM.
Agrega que el lanzamiento de misil norcoreano no representaba una amenaza para América del Norte.
Hace una semana, Corea del Norte lanzó un misil balístico de alcance medio que voló unos 500 kilómetros hasta caer en el mar a unos 350 kilómetros de la costa coreana, fuera de la zona económica exclusiva de Japón.
Militares surcoreanos estiman que se trata de un proyectil de características similares a las de Polaris 2 (Pukguksong-2/KN-15) y que habría alcanzado una altura de 560 kilómetros como máximo.
El anterior lanzamiento tuvo lugar en la madrugada del 14 de mayo, cuando Corea del Norte disparó hacia el mar del Japón (mar del Este) un misil Hwasong-12 capaz de portar una ojiva nuclear.
El Consejo de Seguridad de la ONU aprobó desde 2006 seis resoluciones que conminan a Corea del Norte a abandonar el desarrollo de sus programas nuclear y de misiles; las dos últimas, aprobadas en 2016, endurecen en grado considerable las restricciones internacionales contra Pyongyang en materia comercial y bancaria.