El juez, Artur Kárpov, dictaminó "satisfacer la demanda del instructor" y ordenó arresto de Azímov.
Azímov permanecerá en custodia hasta el 3 de junio.
Durante el juicio se presentaron pruebas de que el kamikaze del atentado, Akbaryón Yalílov, telefoneó a Azímov.
"Los cargos oficiales deben ser presentados en un plazo de 45 días en caso contrario la medida cautelar será levantada", dijo.
El instructor declaró que la implicación de Azímov en el atentado está completamente confirmada.
Aunque el propio detenido reconoció su culpa, después se retractó de su confesión.
Azímov fue detenido la víspera cuando se dirigía a la estación de trenes de cercanía de Odintsovo: los policías le confiscaron una pistola con municiones.
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En un vídeo que muestra el momento del arresto se puede ver que el sospechoso asegura que conoce la razón de su detención.
Según el Servicio Federal de Seguridad de Rusia, Azímov entrenó al ejecutor del ataque a San Petersburgo, la segunda ciudad más importante del país.
El Comité de Investigación de Rusia, que abrió una causa penal por terrorismo, identificó al autor del ataque como Akbaryón Yalílov, de 22 años, un uzbeko nacido en Kirguistán y naturalizado en Rusia.