En su informe anual 2016-2017, el organismo señaló que las disidencias del grupo paramilitar Autodefensas Unidas de Colombia (AUC) "socavan constantemente los derechos humanos y la seguridad ciudadana, la administración de justicia y la construcción de paz, incluyendo la restitución de tierras".
En ese sentido, llamó la atención sobre la denuncia de varias organizaciones no gubernamentales por la incursión "de un grupo armado conformado por unos 150 paramilitares de las Autodefensas Gaitanistas de Colombia (AGC) en la comunidad afrodescendiente de Teguerré", en el departamento del Chocó (noroeste), uno de los más deprimidos económicamente y conflictivos del país.
Asesinatos "selectivos"

Respecto de las comunidades indígenas, afrodescendientes y campesinas, Amnistía Internacional dijo que "continúan haciendo frente a abusos y violaciones", y que particularmente las más afectadas son las que habitan "en zonas de interés para los sectores agroindustrial, minero y de infraestructuras".
De igual modo, las acciones de la guerrilla del ELN (Ejército de Liberación Nacional) fueron documentadas en el informe, en particular el secuestro de varios periodistas en mayo de 2016, mientras que de las FARC (Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia) señaló que redujo sus acciones como consecuencia del "avance del proceso de paz".
Finalmente, Amnistía Internacional expresó su preocupación por las prácticas abusivas que se registran en el país, la "connivencia entre algunos de estos grupos (en especial paramilitares) y agentes estatales", y la importancia de mantener la vigilancia de los grupos criminales a fin de proteger el acuerdo de paz alcanzado con las FARC.