El magistrado clausuró la investigación y elevó a juicio el expediente, impulsado por una denuncia del Gobierno provincial de Gerardo Morales, aliado del presidente Mauricio Macri.
Sala está acusada de asociación ilícita, fraude a la administración pública y extorsión.
Junto a ella quedan imputadas otras 26 personas, mientras que cuatro fueron sobreseídas.
En la causa actuarán como querellantes el fiscal de Estado de Jujuy, Mariano Miranda, y el jefe de la Oficina Anticorrupción provincial, Gastón Millón Quintana.
Antecedentes
Sala fue detenida el 16 de enero de 2016 en su provincia natal por un campamento de 51 días que realizó frente a la sede del Gobierno provincial entre diciembre y enero de ese año y desde entonces permanece en prisión.
Por otra parte, la líder jujeña fue condenada a finales de diciembre a tres años de prisión en suspenso por "daños agravados" en relación a un escrache que organizó en 2009 contra el actual gobernador de Jujuy.
En la causa que originó su primera detención, el campamento de protesta, Sala fue multada e inhabilitada durante tres años y tres meses para formar parte de organizaciones con personería jurídica.
El Grupo de Trabajo sobre Detenciones Arbitrarias de Naciones Unidas instó el pasado mes de octubre al Gobierno argentino a que liberara de manera inmediata a Milagro Sala por considerar que su detención era arbitraria.
El Gobierno de Macri defendió la actuación de la justicia de Jujuy e invitó al Grupo de Trabajo y a la Comisión Interamericana de Derechos Humanos, también crítica de la detención, a visitar la provincia para conocer los detalles del proceso y prisión de Sala.