Las pesquisas abarcan el periodo entre 2011 y 2012 cuando Clinton, que ahora aspira a convertirse en la primera presidenta mujer de EEUU, era secretaria de Estado.
Según el diario, el FBI teme que el servidor personal de Clinton haya sido menos seguro que el del Gobierno.
Los investigadores indican que los diplomáticos estadounidenses debían haber utilizar el sistema informático gubernamental, altamente protegido, para abordar datos del programa de la CIA sobre los aviones no tripulados.
Anteriormente una investigación interna del Departamento de Estado acusó a Clinton de violar las reglas.
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La exsecretaria de Estado fue fuertemente criticada por ocultar información y poner en riesgo los secretos del país.