"He notificado al primer ministro esta mañana que, viendo su conducta en los últimos acontecimientos y en vista de la falta de confianza que tengo en él, dimito del Gobierno y de la Kneset y me tomo un tiempo fuera de la vida política", escribió Yaalon en su página de Facebook.
Yaalon indicó que ofrecerá una rueda de prensa hoy a las 12.00 en Tel Aviv para dar más detalles sobre su dimisión.
Netanyahu y Yaalon se enfrentaron a principios de esta semana por el apoyo público que el ministro de Defensa dio a los altos cargos el ejército que desean expresar sus opiniones.
Las declaraciones de Yaalon se produjeron después que Netanyahu criticara duramente al subjefe del Estado mayor, el general Yair Golan, por sus comentarios en el Día de Recuerdo del Holocausto.
Netanyahu y Yaalon se reunieron el lunes pasado en un encuentro tenso y emitieron un comunicado que indicaba que lo habían "aclarado" todo. "No hay discusión sobre si los militares están subordinados a los líderes políticos y los oficiales del ejército pueden expresar libremente sus visiones", señalaba el comunicado.
La dimisión de Yaalon como diputado allana el camino para que entre en la Knesset a sustituirlo Yehuda Glick, un activista de extrema derecha que aboga por la construcción del Tercer Templo judío en la Explanada de las Mezquitas.
Los judíos llaman a esta zona Monte del Templo porque allí se situaban sus dos templos destruidos. Los musulmanes la designan como Noble Santuario.
Según un acuerdo entre Israel, Jordania y las autoridades religiosas musulmanas de Jerusalén, en la Explanada solo pueden rezar los musulmanes. Los fieles de otras religiones pueden subir al recinto pero no rezar.
Glick lidera la campaña para que se permita rezar también a los judíos y ha sido arrestado en algunas ocasiones por rezar en la zona. En el 2014 resultó gravemente herido en un intenso de asesinato a manos de un palestino.