"Según los datos actuales, nueve personas murieron y 761 fueron hospitalizadas", dijo en una rueda de prensa en Tokio.
Anteriormente se informó de tres muertos y unos 200 hospitalizados.
Suga agregó que el terremoto dejó a 14.000 hogares sin luz, a 20.000 sin agua y a 6.000 sin gas.
La cadena NHK reportó que más de 44.000 personas fueron evacuadas a raíz del sismo.
El terremoto de magnitud 6,5 se produjo en la tarde de este jueves, el epicentro de las sacudidas se ubicó en la prefectura de Kumamoto.
La Agencia Meteorológica de Japón asignó la magnitud 7 al temblor, la máxima según la escala japonesa.
Después del sismo se produjeron más 100 réplicas de diversa magnitud y no se descarta que haya más, según el servicio meteorológico del país.