El desertor se trataría de un coronel que trabajaba en la Oficina General de Reconocimiento y cuyo nombre se ha omitido por razones de seguridad.
"El oficial es el más alto cargo militar que ha cruzado la frontera y podía ser considerado como parte de la élite entre los norcoreanos que han desertado al sur", ha asegurado una fuente anónima relacionada con el caso a la agencia Yonhap.
"Creemos que tiene detalles sobre la oficina de operaciones contra el Sur que ha dado a las autoridades", ha añadido.
"(La deserción) es un hecho, pero no podemos dar información pública", ha confirmado Moon Sang-gyun, portavoz ministerial.
La oficina en la que trabajaba el coronel está encargada de labores de inteligencia en el extranjero y es responsable también de la ciberguerra.
Seúl sostiene que los ataques a la multinacional Sony de 2014, posteriores al estreno de una película que ficcionaba la muerte del dictador, se realizaron desde esa oficina.
Los servicios de espionaje surcoreanos señalan que varios altos mandos norcoreanos han desertado en los últimos años por el temor a la campaña de depuración ordenada por Kim Jong-un.
Unos 70 oficiales han sido ejecutados desde su subida al poder en 2007 en un intento de mantener la fidelidad al mando.
En Corea del Sur residen unos 28.000 desertores del norte y el ritmo de entrada ha aumentado en los últimos tiempos.
Sólo el pasado año llegaron 1.280 nuevos desertores, según Seúl.
Un grupo de 13 norcoreanos que trabajaban en un restaurante (el mánager y doce mujeres) en un país extranjero no revelado llegaron a Corea del Sur la semana pasada después de huir, revelaron fuentes oficiales.