Según el Ministerio, citado por la cadena BBC, el contagiado murió a principios de esta semana en el norte del país, a donde viajó desde la ciudad de Kambia, cerca de la frontera con Guinea.
Se indica que expertos sanitarios están buscando urgentemente a los que hayan podido estar en contacto con la víctima del virus.
El pasado 7 de noviembre, Sierra Leona informó del fin de la epidemia.
La ONU estima que más de 22.000 menores perdieron uno o ambos padres en África Occidental por la epidemia que se cobró más de 11.000 vidas y contagió a más de 29.000 personas.
El virus, detectado por primera vez en Sudán y Zaire en 1976, se transmite por sangre, líquidos orgánicos o tejidos de las personas infectadas, aunque también se han registrado casos de contagio por contacto con animales enfermos o cadáveres humanos.
El último brote de fiebre hemorrágica de ébola surgió en África Occidental en febrero del año pasado, afectando especialmente a Guinea, Liberia y Sierra Leona.