Por su parte, el presidente del Consejo de Ética, el diputado Sandro Alex, denunció las supuestas amenazas lanzadas por el entorno de Cunha contra el relator de su caso en el consejo, Fausto Pinato, alegando que la familia del político habría sido objeto de presiones y exigiendo la inmediata designación de protección oficial para Pinato y sus familiares.
La gravedad de los acontecimientos fue tal que el juez del Tribunal Supremo Federal (TSF), Marco Aurelio, defendió la inmediata renuncia de Eduardo Cunha de su puesto como presidente del Congreso de los Diputados, añadiendo que "esto mejoraría sin duda la situación, ya que tendríamos la elección de un nuevo presidente en la Cámara Baja, Cunha podría continuar con su mandato de diputado".
Ambas acusaciones podrían suponer una pérdida de su mandato como diputado si el proceso alcanza la votación en la Cámara Baja.
El político acumula multiples acusaciones por parte de delatores de la Operación Lava Jato, siendo la más consistente la del lobista Júlio Camargo que lo acusó de recibir un soborno de 5 millones de dólares a cambio de gestionar una serie de contratos de embarcaciones sonda con la petrolera semiestatal Petrobras, un dinero que Cunha habría desviado a Suiza a través de una intrincada red de empresas offshore en diversos paraísos fiscales.