"El campus del hospital fue 100 por ciento usado por el Talibán", dijo en una entrevista al periódico The Washington Post al indicar que sirvió de base para conspirar y llevar a cabo ataques en la ciudad de Kunduz.
El gobernador reveló que los talibanes se ubicaron en un gran jardín del hospital.
Por su parte, la dirección regional de MSF desmintió las declaraciones del gobernador.
"Desmentimos la información de que los talibanes presuntamente estaban dentro del hospital durante el bombardeo", dijo la portavoz de la organización Kate Stegeman, citada por la cadena NBC News.
El ataque destruyó parcialmente el hospital y se saldó con 22 muertos y más de 30 heridos, de acuerdo al balance actualizado.
Según un comunicado de la OTAN, el bombardeo fue lanzado por la aviación estadounidense en la madrugada del sábado.
Washington y Kabul anunciaron previamente la apertura de una investigación conjunta para esclarecer el incidente.