El titular de la ONU también ha pedido una "investigación exhaustiva e imparcial", según el documento.
"El secretario general destaca el coraje y la valentía del personal de la organización (Médicos sin Fronteras) y expresa su más sentido pésame a las familias de las víctimas del ataque", agrega.
A su vez, La Organización Mundial de la Salud ha advertido que el ataque podría poner en peligro las actividades humanitarias en Afganistán.
"Es una gran pérdida para Médicos sin Fronteras y para una sociedad que sufre, a los que la OMS expresa sus condolencias y apoyo; esto también supone un importante desafío para las actividades humanitarias en Afganistán", dice el comunicado.
Un hospital de Médicos sin Fronteras en Kunduz, en el norte de Afganistán, fue bombardeado por las fuerzas de la OTAN en la mañana de este sábado, cuando en el recinto médico se encontraban cerca de 200 personas.
El ataque destruyó parcialmente el hospital y se saldó con al menos 19 muertos, según el balance actualizado.