Recalcó que se necesita respetar la resolución "ya que fue aprobada en base de los acuerdos europeos".
"Los acuerdos nos dan la posibilidad de resolverlo con la mayoría cualificada", remarcó.
Juncker señaló que no quisiera criticar a nadie por no apoyar la decisión indicando que en la cumbre de hoy en Bruselas habrá "conversaciones amistosas".
La víspera, los titulares de Interior de la UE aprobaron en su mayoría las cuotas para distribuir a 120.000 refugiados entre los Estados miembros.
Desde comienzos de 2015, alrededor de medio millón de refugiados han llegado a la UE huyendo de la violencia en Oriente Medio y el norte de África.
El primer ministro de Hungría ha sido criticado por Gobiernos y ONG por la decisión de su Ejecutivo de instalar una valla con alambrada en la frontera y aprobar una nueva ley que limita la entrada de inmigrantes en el país.