La Embajada de Finlandia en Moscú alegó que el parlamentario estaba incluido en la lista negra de la Unión Europea.
En protesta por esta medida la delegación rusa rechazó asistir a la reunión en Helsinki.
Por su parte, Niinisto explicó que no fue Finlandia quien dijo "no" a Rusia.
"Queríamos explicar lo que pasó y en qué situación se encontró Finlandia: no hemos recibido la ayuda necesaria de la UE sobre una legislación que no está lo bastante clara", dijo Niinisto.
Asimismo, el presidente finlandés resaltó la importancia de continuar el dialogo con Rusia y exhortó a aclarar la postura de la UE respecto a las sanciones contra los rusos.
Desde marzo pasado, EEUU y la UE pusieron en marcha sanciones individuales y sectoriales contra Rusia por su supuesto papel en la crisis de Ucrania y la incorporación de Crimea.
Tema: Sanciones de Occidente contra Rusia
Las medidas limitan el acceso de algunos bancos y empresas estatales a los mercados de capital, en concreto a las del sector petrolero y de defensa. También prevén la prohibición de la entrada y la congelación de activos para decenas de cargos públicos y empresarios.
En respuesta, Rusia vetó las importaciones de alimentos procedentes de EEUU, la UE, Australia, Canadá y Noruega.