La reacción ha sido calificada como "profundamente lamentable" por Ban, quien habría sido el primer secretario general de la ONU en pisar Corea del Norte desde que lo hiciera Boutros Boutros-Ghali en 1993.
La prensa norcoreana no ha hecho ninguna mención ni a la primera invitación ni a la posterior cancelación.
Ban ha asegurado que la decisión de Pyongyang llegó "a través de canales diplomáticos" y sin ninguna explicación, según la agencia de noticias surcoreana Yonhap.
"A pesar de ello, como secretario general de la ONU, no ahorraré esfuerzos para animar a la República Democrática Popular de Corea a que trabaje con la comunidad internacional para la paz y la estabilidad de la península coreana", ha añadido.
Ban había exigido esta semana a Corea del Norte que evitase cualquier acción que pudiera elevar la tensión después de que publicara fotografías de lo que parecía el lanzamiento de un misil desde un submarino.
Ban, surcoreano, había ejercido de ministro de Exteriores entre 2004 y 2006, un periodo durante el que las tensiones entre los países hermanos bajó hasta posibilitar un acuerdo para la desnuclearización de la península.
En aquellos tiempos nació también Kaesong, una rara iniciativa de colaboración entre ambas coreas situado a escasos kilómetros de la frontera.
Unas 120 compañías surcoreanas emplean a más de 50.000 norcoreanos en el parque.
Pyongyang acostumbra a cerrar el complejo cada vez que la tensión se dispara en la península como medida de castigo.