Según el auto, los motivos establecidos por el Supremo para continuar con la causa es la nacionalidad española de alguna de las víctimas, como es el caso del propio Ellacuría, y los "indicios suficientes" de que el proceso que se llevó a cabo en El Salvador no garantizó el castigo de sus responsables.
"El proceso penal seguido en El Salvador no pretendió realmente que los responsables de los hechos fueran castigados, sino, más bien, su sustracción a la justicia, todo ello acompañado de la ausencia de las garantías necesarias de independencia e imparcialidad", asegura la sentencia.
La principal duda para juzgar esta causa en España procedía de la reforma de la ley del Poder Judicial, que limita la justicia universal para crímenes cometidos en otros países.
El encargado de continuar con esta causa abierta es el Juzgado Central de Instrucción número 6 de la Audiencia Nacional, dado que fue el magistrado Eloy Velasco, de este juzgado, el que elevó la causa al Supremo para determinar si podía continuar tras recibir varias querellas.
Estas demandas establecían que los responsables del crimen fueron miembros del un batallón del Ejército salvadoreño, que seguían un plan concebido en la sede del Estado Mayor del Ejército.
Los hechos se produjeron en noviembre de 1989 en la Universidad Centroamericana salvadoreña, cuando unos militares asesinaron al conocido teólogo Ellacuría, a otros cinco jesuitas, a una empleada de hogar y a su hija. Las imágenes de lo ocurrido dieron la vuelta al mundo y fue un caso que produjo un alto impacto en España.