Los manifestantes, cuyo número rondaba las 2.000 personas, quemaron contenedores de basura y vehículos policiales y también destruyeron parte del cercado de la sede del Gobierno.
Los agentes de policía usaron gases lacrimógenos para dispersar a la multitud.
Los disturbios empezaron después de que el líder de la oposición, el socialdemócrata Zoran Zaev, acusara al primer ministro del país, Nikola Gruevski, de ocultar los detalles del asesinato de un manifestante en junio de 2011.
Según Zaev, la víctima, un joven de 22 años, fue golpeada hasta la muerte por un guardia de Gruevski durante un acto convocado por el partido gobernante.