El filme consiguió diez galardones, entre ellos el de mejor película.
Este thriller policíaco, ambientado en la España de la Transición, partía como favorito con 17 nominaciones.
Además del premio a la mejor película, Alberto Rodríguez recibió el Goya a la mejor dirección y Javier Gutiérrez el galardón a la mejor interpretación masculina como protagonista.
Los otros siete premios para "La isla mínima" fueron por el guión original, la música, la dirección de fotografía, el montaje, la dirección artística, el diseño de vestuario y el Goya a la mejor actriz revelación, para Nerea Barros.
La película galardonada será además la encargada de representar a España en la 57ª edición de los Premios Ariel, que concede la Academia Mexicana de las Artes y las Ciencias Cinematográficas.
Las otras grandes películas premiadas de la noche fueron "El niño" y "Ocho apellidos vascos", con cuatro y tres premios respectivamente.
"El niño" era otra de las grandes favoritas, con 16 candidaturas, aunque finalmente no se llevó ninguno de los grandes premios.
El galardón para la mejor actriz fue para Bárbara Lennie, por 'Magical Girl'.
El Goya de Honor fue para el conocido actor español Antonio Banderas, quien tras recoger el premio aseguró que a partir de ahora "comenzaba la segunda parte de su vida".
La gala, que duró cuatro horas, fue presentada por Dani Rovira, el cómico que saltó a la gran pantalla con "Ocho apellidos vascos" y que consiguió la estatuilla como mejor actor revelación.
Esta 29ª edición de los premios Goya fue la más taquillera de la historia.
El 2014 se consagró como el mejor año en términos de asistencia de público, un 75% más que en 2013, alcanzando 123 millones de euros de recaudación y siendo "Ocho apellidos vascos" la película más taquillera de la historia del cine español.