El exfuncionario federal estaba señalado por la Fiscalía del Estado de Chihuahua por participar en el desvío de 250 millones de pesos para proyectos inexistentes en ese estado. En particular, se acusa que Gamboa Lozano de ser uno de los principales operadores de la triangulación de recursos para las campañas del Partido Revolucionario Institucional (PRI) en los estados de Chihuahua, Veracruz, Tamaulipas y Sonora.
Según testimonios de exfuncionarios de Chihuahua, los recursos transferidos a esas compañías se utilizaron en campañas electorales. Ricardo Yáñez, exsecretario de Educación de Chihuahua —sentenciado a cuatro años de cárcel por desvío de recursos—, declaró ante el Ministerio Público que el entonces gobernador, César Duarte, le informó que ese dinero había sido autorizado por la SCHP para operar las campañas electorales del PRI en otros estados.
Gamboa Lozano fue acusado en 2018, junto con Alejandro Gutiérrez Gutiérrez, exsecretario general del PRI, de desviar recursos públicos del Gobierno de Chihuahua para financiar las campañas electorales de ese partido político. Tras conocerse de su asesinato, el fiscal chihuahuense, César Peniche, "consideró que hay mucha información que poseía esa persona y que lamentablemente se la lleva con él".
En el mismo sentido, el actual gobernador de Chihuahua, Javier Corral, pidió a las autoridades dar con los autores materiales e intelectuales del asesinato de Gamboa Lozano, "porque se trataba de una persona que tenía mucha información" sobre la Operación Safiro, caso que calificó como el "corazón de la corrupción política en México".
Corral comentó para Aristegui Noticias que Gamboa Lozano era el responsable de firmar las órdenes de pagos para las empresas vinculadas con el PRI, pero destacó que muy probablemente recibía órdenes de funcionarios en cargos más altos.
"Fue una pieza clave en el entramado de la Operación Safiro, pues era el puente entre los políticos corruptos de los estados, los operadores financieros que recibían el dinero y lo distribuían, pero principalmente con los funcionarios corruptos de alto nivel en el Gobierno federal de entonces, como podría ser el mismo presidente de la República, Enrique Peña Nieto", señaló.
En enero de 2018, Javier Corral denunció que la SHCP canceló un convenio con su Gobierno por 700 millones de pesos tras la detención de Alejandro Gutiérrez. En ese entonces, comentó que durante una reunión con el entonces secretario de Hacienda, José Antonio González Anaya, se intentó negociar la entrega del dinero a su estado a cambio de no implicar a Alfonso Isaac Gamboa Lozano en las investigaciones sobre la Operación Safiro.
"Detuvimos a la pieza clave del 'modus operandi' de la corrupción política que toma recursos públicos para las campañas y están muy preocupados. Les dijimos que no podemos investigar a otros estados… ¿cómo es posible que a un estado se le deje de depositar porque el secretario de Hacienda quiere conocer el alcance de una investigación?", acusó públicamente el gobernador chihuahuense.
Actualmente, la Fiscalía chihuahuense espera la extradición de César Duarte, tras la emisión de varias órdenes de aprehensión en su contra. A su vez, esta autoridad logró que Alejandro Gutiérrez fuera condenado a tres años de prisión tras ser declarado culpable del desvío de 1.740.000 pesos del erario público.